Mei no Naisho pöörleb nimitegelase Mei Haruna elu üle, naiselik noor poiss, kelle nõiaema kasvatas tüdrukuna ja arvas end alati naisena. Tema ema oli ainus perekond, mis tal oli, nii et pärast tema surma siirdub ta tütarlaste keskkooli ja tuleb koos oma rääkiva tuttava kassi Abeli ja toakaaslase Fuuka Honjou'ga, kes on ka avaliku moraali komitee. Varsti pärast kooli saabumist avastavad tema uued sõbrad pärast maagilist väljapanekut ühiselamuvannis, et ta on tegelikult mees, ehkki see tekitab talle üsna suurt šokki, hoolimata sellest, et ta oli teadlik füüsilistest erinevustest tema ja tavaliste tüdrukute vahel. Hoolimata tema teadasaamisest ja väärastunud õpilasesinduse presidendi mõningast abivalmis sekkumisest, otsustab kooli direktor, et ta võib kooli jääda. Järgmisel päeval tuleb Mei koos Fuukaga kooli ja palub vabandust, et varjas seda, et ta oli nõid, ja teatab teistele, kuidas ta ilmselt mees on. Teised õpilased võtavad ta kiiresti omaks ja neile avaldab muljet, kuidas ta maagiat kasutada saab.
